Zähneputzen steht natürlich an erster Stelle, aber manchmal ist so etwas auch genetisch bedingt oder dem Körper fehlt irgendetwas, wie du schon geschrieben hast. Aber Kalzium oder Magnesium ist es bei euch anscheinend nicht.
Ich bin zwar kein Arzt, aber wenn es mein Kind wäre, dann würde ich ein komplettes Blutbild machen lassen, denn dieses wird zeigten, falls dein Sohn an irgendeinem Vitaminmangel leidet.
Ich finde es auch etwas unverantwortlich von dem Zahnarzt, dass er das so gelassen sieht, denn gesunde und vor allem die eigenen Zähne sind sehr wichtig.
Was ich dir empfehlen würde, gibt deinem Sohn in der Zwischenzeit viel Rote Beete Saft oder auch frische Rote Beete, diese ist für Zähne und Zahnfleisch sehr gesund.
Falls es aber den Geschmack nicht leiden kann, wie viele andere Kinder auch, dann kannst du sie auch als Pulver kaufen und in seinen Saft mischen.